发表后，就在文坛内外引起了很大争论。1957年1月29日，中国作协党组召开会议专门讨论这篇小说，据郭小川保留的记录稿记载：对王蒙的小说“最初，歌颂占80%。现在，中间大，两头小”。在公开的批评中，李希凡、马寒冰的文章具有代表性。李希凡说：在典型环境的描写上，由于作者过分的“偏激”，以我们现实中某些落后现象，堆积成影响这些人物性格的典型环境，而歪曲了社会现实的真实。解放军总政治部文化部的马寒冰从“典型环境和典型性格”这一文学范畴出发，认为像小说描写的这样的区委会是完全不可能有的，至少在中共中央所在地的北京市不可能有这样的区委会。
最后惊动了毛泽东主席，毛泽东站在了王蒙一边。他说，王蒙“写了一篇小说批评共产党工作中的缺点，部队几位同志就‘围剿’，说北京没有官僚主义。北京怎么就没有官僚主义？”1956年至1957年春，毛泽东多次讲话支持王蒙。最早是在1956年11月的省市委书记会议上，毛泽东表态不赞成批评王蒙的人的观点。1957年2月26日，在颐年堂的一次座谈会上，毛泽东主要谈文学批评问题，他说：“王蒙写了一篇小说，赞成他的很起劲，反驳他的也很起劲，但是反驳的态度不怎么适当。王蒙的《组织部新来的年青人》正在讨论，问题在于批评态度。小说揭发官僚主义，很好，揭发得不深刻，但很好。”3月12日，毛泽东在中央宣传工作会议上又对王蒙的小说给予肯定，他说：“最近就在北京发生了一个‘世界大战’，有人叫王蒙，大家想‘剿灭’他。总而言之，剿不得，违犯了军法，军法从事。我也是过甚其词，就是有那么几个人，写了那么几篇文章。现在我们替王蒙解围，要把这个人救出来，此人虽有缺点，但是他讲正了一个问题，就是批评官僚主义。”这时，毛泽东正想借知识分子的批评冲击党内官僚主义。
近来看中国女记者沈鼎当年的新闻稿《人民文学》编辑部检查修改小说《组织部新来的年轻人》中的错误。才知道这篇小说是经秦兆阳手编辑发表的。
而秦兆阳在编辑发表这篇小说时只是作了增加对小说主人公内心活动一段描写和对与主题无关的描写。小说的成功，与秦兆阳的修改和润色是分不开的。
在中国文坛上，经秦兆阳发表文章后来成为中国文学名家的有很多人：路遥的中篇处女作《惊心动魄的一幕》，两年间先后投寄给当时几乎所有的全国大型文学刊物，但都被退稿，最后投寄给《当代》。他不久就收到了《当代》主编秦兆阳的长信，对稿件给予热情肯定。在秦兆阳指导下，路遥对这篇小说进行修改，并最终发表，并在秦的力争下获得了全国第一届中篇小说奖。由秦兆阳发现、培养的当代作家，经秦兆阳之手发表的优秀作品还可以开列出一大串，如玛拉沁夫的处女作《科尔沁草原的人们》，孙峻青、白桦发在《人民文学》的第一篇小说，王蒙的《组织部新来的青年人》等。
现在看60年前秦兆阳在编辑《组织部新来的年轻人》时对文中的修改，完全是写作技巧上的处理，是对一个22岁年轻作者的扶持和帮助。而最后成了被划成“大右派”的罪状之一，实在是中国文人的不幸。更不幸的还是《组织部新来的年轻人》的作者王蒙，尽管小说受到了毛泽东的力挺，在1958年还是因为这篇小说描写了共产党干部也有腐败而被打成“右派”。
今日看到这些文坛史话，我们应改收获些什么呢？